Mało kto zapewne dziś jeszcze przeczyć zechce, że zwierzęta posiadają pewną zdolność myślenia. Wciąż zdarza nam się zauważyć, że zwierzęta wahają się, namyślają i postanawiają. Jest to faktem znamiennym, że im bliżej badacz jaki obserwuje sposób życia jakiegoś zwierzęcia, tym więcej rozumu w nim dostrzega, a tym mniej czynności jego przypisuje wrodzonym instynktom.
Darwin mimo to jednak uznaje, że z pomiędzy wszystkich różnic dających się zauważyć między człowiekiem a zwierzętami, największą bezwarunkowo stanowi poczucie moralne – sumienie. Szuka jednak w historii naturalnej dowodu na to, że sumienie powstało ze społecznych instynktów zwierząt przez wyższy rozwój umysłowości i mowy. Tym sposobem stał się człowiek istotą moralną, „która może swe dawniejsze i przyszłe czyny lub pobudki między sobą porównywać, pochwalać lub potępiać. Darwin przyjmuje, że w pierwotnej epoce rodu ludzkiego umysłowe i moralne zdolności stopniowo dzięki naturalnemu doborowi udoskonalały się i rozwijały. Jednakże nie posuwa się tak daleko, by przymioty moralne wywodzić od instynktów społecznych wprost przez dobór naturalny w walce o byt.